Projekt Klubów Młodego Odkrywcy powstał w 2002 roku z inicjatywy Janusza Laski i Kłodzkiego Towarzystwa Oświatowego. Był on skierowany do uczniów i nauczycieli szkół gimnazjalnych, którzy podczas zajęć pozalekcyjnych wykonywali eksperymenty i doświadczenia naukowe poszerzając swoją wiedzę przyrodniczą. Interaktywna metoda pracy z młodzieżą miała zaszczepić wśród nich modę na eksperymentowanie, rozbudzić ciekawość, a także inspirować do samodzielnego zdobywania wiedzy.

W latach 2002-2005 projekt realizowany był przez Kłodzkie Towarzystwo Oświatowe w ramach programu „Równać Szanse” Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności i Polskiej Fundacji Dzieci i Młodzieży. W efekcie powstało kilkadziesiąt Klubów Młodego Odkrywcy na terenie całej Polski. Od 2009 roku rolę koordynatora Klubów Młodego Odkrywcy pełni Centrum Nauki Kopernik. W 2012 roku Centrum Nauki Kopernik zawarło porozumienie z Polsko-Amerykańską Fundacja Wolności, mające na celu rozwijanie i promowanie inicjatywy Klubów Młodego Odkrywcy. Porozumienie podpisane przez Roberta Firmhofera, Dyrektora Centrum Nauki Kopernik i Jerzego Koźmińskiego, Prezesa PAFW jest efektem kilkuletniej, partnerskiej współpracy pomiędzy obiema instytucjami na rzecz nowoczesnej edukacji i wyrównywania szans edukacyjnych młodego pokolenia.